O Convento de Santa Marta, fundado no Séc. XVI, começou a funcionar ao serviço da saúde em 1890 pelo que passou a ter a designação de Hospício dos Clérigos Pobres.

Criado para a acolher e tratar as vítimas da Grandes Peste de Lisboa ocorrida em 1569. Existindo primeiro como Recolhimento de Santa Marta de Jesus e anos mais tarde, já no século XVII, como Convento do mesmo nome.

De arquitectura maneirista, com um projecto inicial de Nicolau de Frias, o convento foi construído a partir de 1612. Sobressaem do seu conjunto, o claustro, a igreja e a Sala do Capítulo, para além de uma impressionante obra da azulejaria portuguesa seiscentista e setecentista. O claustro e a igreja conservam hoje intacta a sua estrutura original

No dia 1 de Novembro de 1755, o sismo, o fogo e o maremoto provocaram a devastação de praticamente dois terços das ruas da cidade. O Convento de Santa Marta foi um de onze entre os sessenta e cinco conventos existentes em Lisboa que, não obstante os danos, se mantiveram habitáveis.

Da Igreja do Convento de Santa Marta, classificada como Imóvel de Interesse Público desde 1946, pouco se encontra visível do seu esplendor original. Predominantemente barroca, foi construída entre os séculos XVII e XVIII. Tem uma planta longitudinal, abrindo a austera fachada principal para a Rua de Santa Marta, de onde são visíveis quatro janelões separados por contrafortes

Em 1890 o edifício foi usado como hospital improvisado para albergar as muitas vítimas de um surto de gripe que alvoroçou a cidade e posteriomente como hospital de doenças venéreas. Veio posteriormente a juntar-se ao Hospital de S. José

Em 1910 foi atribuída oficialmente ao Hospital de Santa Marta a função de Escola Médico Cirúrgica de Lisboa assumindo um importante papel no ensino da Medicina em Lisboa. Manteve esta função até 1953, data em que a clínica universitária é transferida para o recém-criado Hospital de Santa Maria.

Com esta transferência o Hospital de Santa Marta volta a integrar-se no grupo Hospitais Civis de Lisboa onde se manteve até ao final do século XX.

Considerado como uma das principais escolas de Medicina Interna durante a segunda metade do século XX com a figura de Carlos George veio a ganhar uma especial diferenciação na área cardio-vascular com a inovação trazida por Machado Macedo.

Entra no século XXI como um dos principais centros de referência a nível do diagnostico e tratamentos das doenças cardio-vasculares a nível nacional.